La construcción adecuada para referirse a que ha sucedido algo que era improbable es contra todo pronóstico, no contra pronóstico.
Según indica la Gramática de la lengua española, contra todo pronóstico es una locución que sigue el esquema «preposición + todo + sustantivo», al igual que otras como a toda vela o de toda índole. No es adecuado, por tanto, omitir la palabra todo en esta expresión.